1990年，出演首部电视剧《莫道无情》饰演男三号方俊鸿，1991年，在《回首天已蓝》中出演男二号程晓海；1994年，参演《七侠五义》饰演南侠展。

1998年3月，作为琼瑶旗下签约艺首位艺人，焦恩俊与蒋勤勤、朱茵等主演琼瑶剧《苍天有泪》，饰演败家子展云翔；同年，与龚慈恩主演爱情电视剧《新鸳鸯蝴蝶梦》，饰演曹家的第四代独子曹鼎文。

1999年8月，与萧蔷、吴京主演古龙武侠电视剧《小李飞刀》，饰演李寻欢一角。

2002年，与艺人吴泓君、罗宾、张帝、陈今佩等人合作发行闽南语专辑《百万巨星大赚钱》。

2005年6月1日，主演的35集古装神话电视连续剧《宝莲灯》在中国中央电视台电视剧频道播出，焦恩俊在剧中饰演亦正亦邪的二郎神杨戬创下最高收视9.1收视记录，是当年的收视榜首之作，并荣获第十一届“亚洲电视大奖”最佳电视剧奖等荣誉。

2007年，焦恩俊和蔡少芬联合主演古装武侠电视连续剧《泪痕剑》，饰演卓东来。

2008年3月，焦恩俊与前经纪人Amy再度携手，在北京举行签约新闻发布会，正式加盟星之国际。

2009年，参演《宝莲灯》姊妹篇电视剧《宝莲灯前传》，焦恩俊再次饰演二郎神杨戬。

2011年4月，在刘烨主演的电影《硬汉2》饰演刑警队长；年底，焦恩俊推出首张个人专辑《文森特先生》，第一主打歌为《蒲公英》。

2013年7月，在与罗嘉良合作主演的抗战题材电视剧《越境》中出演爱国党员荣公子。

2015年5月， 与连凯主演的现代黑色悬疑犯罪电影《悬战》全国公映，焦恩俊在剧中饰演周旋于警察与黑社会势力之间的律师姜东。

2016年8月，与朱一龙、张馨予等联袂主演的武侠剧《新边城浪子》登录北京卫视播出，焦恩俊出演魔教大公子花寒衣。同年9月，担任“《剑侠情缘2网页版》”游戏代言人。